1966: Einrichtung einer italienischen Auslandschule, einer „Scuola Media“, in Stommeln durch das italienische Generalkonsulat
1968: Auftrag zur Gründung einer „Scuola Media“ mit Internat durch den Erzbischof von Köln, Kardinal Josef Frings, in Abstimmung mit dem italienischen Botschafter, Dr. Mario Luciolli; den Gründungsauftrag setzte Don Gino Buiatti aus Udine um. Ihm folgte die Ordensgemeinschaft der Pavoniani nach.
1974: Neugründung einer Ersatzschule nach deutschem Recht durch Kardinal Josef Höffner: Entstehung der bilingualen Papst-Johannes XXIII.-Hauptschule in Trägerschaft des Erzbistums Köln. Die Einsicht, dass die berufliche Zukunft für die italienischen Kinder mit einem italienischen Schulabschluss allein nicht hinreichend gesichert werden konnte, war ausschlaggebend für die Entscheidung des Erzbischofs.
1975: Die deutsche Hauptschule nahm ihren Betrieb auf unter Leitung von Dr. Sergio Turrini. Die schulische Ausbildung an der Papst-Johannes XXIII.-Hauptschule vollzog sich in zwei Abschnitten: Bis zum Ende der Scuola Media-Prüfung am Ende der Klasse 8 entsprach das Unterrichtsgeschehen sprachlich und strukturell dem einer italienischen Scuola Media, in den Klassen 9 und 10 wurde nach deutschen Vorschriften unterrichtet. Es erwies sich unmöglich, zwei unabhängig voneinander funktionierenden schulischen Systemen gerecht zu werden. Zudem verlor die Schulform Hauptschule mit der Öffnung der Gymnasien und der Einrichtung von Gesamtschulen zunehmend an Ansehen.
1982: Neubau des Internats mit 150 Plätzen; die Leitung wurde Pater Andrea Callegari übertragen.
1987: Berufung einer wissenschaftlichen Kommission auf Initiative des Rektors des Kollegs, Pater Pietro Lombardi, und des zuständigen Erzbischöflichen Schulrats, Dr. Paul Schrömbges, mit dem Ziel, eine zukunftsfähige bilinguale Konzeption für die Papst-Johannes-Schule zu erarbeiten. Eine kontroverse politische Diskussion um die Einrichtung einer kirchlichen Gesamtschule setzte ein.
1990: Antrag des Hauptabteilungsleiters Prälat Bernard Henrichs auf Umwandlung der Papst-Johannes-Hauptschule in eine „Modellschule“, ein Konzept, das vom zuständigen Ministerium aus Rechtsgründen nicht genehmigt wurde.
1992, 2. Juni: Generalvikar Dr. Norbert Feldhoff unterschrieb den Antrag auf Genehmigung einer integrierten italienisch-deutschen Gesamtschule der Sekundarstufe I in Trägerschaft des Erzbistums Köln.
1993, 1. April: Die Genehmigung des Kultusministeriums wurde erteilt.
1993, 1. August: Die neue integrierte Gesamtschule nahm unter Leitung von Hans Georg Rabe und Dr. Sergio Turrini ihren Betrieb auf.
1995, 9. Januar: Antrag auf Einrichtung einer gymnasialen Oberstufe, die
1999, am 1. August Wirklichkeit wurde und das ehemalige Krankenhaus „Maria Hilf“ wieder mit schulischem Leben erfüllte.
1997, 21. März: Nach über zweijähriger Bauzeit wurde das neue Schulgebäude fertiggestellt, von Kardinal Joachim Meisner feierlich eingeweiht und der Schulgemeinde übergeben.
2002, 29. Juni: Die Papst-Johannes-Schule entließ ihren ersten Abiturjahrgang.
2003: Die Pavoniani-Patres gaben ihren Entschluss bekannt, sich aus Stommeln zurückzuziehen. Der Schulträger fasste den Entschluss, das Internat zu schließen.
2004, 10. Juli: Die Pavoniani-Patres wurden feierlich verabschiedet; P. Benoit Devos von der Kongregation der Legionäre Christi übernahm die Aufgabe des Schulseelsorgers.
2005: Die Papst-Johannes-Schule war Gastgeberin beim Weltjugendtag.
2008: Die Scuola-Media-Prüfung wurde letztmalig durchgeführt, die Anerkennung als Schule italienischen Rechts nicht mehr beantragt. Dr. Sergio Turrini ging in den Ruhestand. Zu seinem Nachfolger wurde Dr. Vincenzo Giardina ernannt.
2009: Englisch wurde erste, aus der Grundschule fortgeführte Fremdsprache, Italienisch zweite, ab der Klasse 5 unterrichtete Fremdsprache. Die bilinguale und bikulturelle Ausrichtung als italienisch-deutsche Begegnungsschule blieb nahezu unverändert erhalten. Die bilinguale Ausbildung wird vom überwiegenden Teil der Schülerschaft wahrgenommen.
P. Heribert Kerschgens von der Ordensgemeinschaft der Salvatorianer trat seinen Dienst als Schulseelsorger und Lehrer an der Papst-Johannes XXIII.-Schule an.
2013: Papst Franziskus spricht am 27. April 2014 Papa Giovanni XXIII. heilig und ernennt Kardinal Rainer Maria Woelki am 11. Juli 2014 als Nachfolger von Kardinal Joachim Meisner zum Erzbischof von Köln.